Shikamaru lalu merencanakan penyerangan kedua melawan Hidan dan Kakuzu yang telah membunuh Asuma. Di luar dugaan, Kakashi ikut membantu tim Shikamaru mencari dan menghancurkan dua anggota Akatsuki tersebut. Mereka lalu bertemu di dekat hutan milik keluarga Nara. Shikamaru memancing Hidan bertarung satu lawan satu dengannya, sementara Kakashi, Choji dan Ino melawan Kakuzu. Shikamaru berhasil menjebak Hidan dan menghancurkan tubuhnya, lalu menguburnya kedalam lubang besar yang sudah disiapkan. Shikamaru berkata,"Kau telah mengirim guru asuma ke dalam kuburan. Dan ini adalah kuburanmu." Hidan lalu berteriak-teriak mengutuk Shikamaru, tetapi tidak digubris oleh yang bersangkutan. Shikamaru lalu mengatakan bahwa dia hanya percaya pada Tekad Api Konoha.
Kakashi yang melawan Kakuzu, berhasil menghancurkan 2 dari 5 "jantung" milik Kakuzu. Ketika keadaan hampir gawat, Naruto, Yamato, Sakura dan Sai datang membantu. Sai dan Sakura diperintahkan untuk membantu Shikamaru, sedangkan Yamato dan Naruto membantu Kakashi dkk. Naruto yang ingin membuktikan bahwa dia telah berubah dan menjadi lebih dewasa dan baik meminta kepada yang lainnya untuk tidak ikut campur ketika dia akan bertarung dengan Kakuzu. Kakashi mengatakan, jika dia tidak berhasil mengalahkan Kakuzu, maka dia masih tetap ninja berisik seperti dulu. Naruto lalu mengeluarkan jutsu andalannya yang baru dipelajari, Fuuton : Rasenshuriken. Setelah serangan pertama kali gagal, Naruto dengan cerdik menggunakan Kagebunshin no Jutsu untuk mengalihkan perhatian musuhnya. Kakuzu akhirnya berhasil dikalahkan setelah ledakan dramatis akibat jurus Rasenshuriken yang mengenai targetnya. mereka semua lalu pulang ke Konoha, menunggu misi selanjutnya sambil menjalani kehidupan seperti biasa.
Naruto yang merasa kecewa meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi lalu mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrem (Taju Kagebunshin), tapi cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu memotong air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam Rasengan tersebut. Sementara itu, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru, Izumo dan Kotetsu (2 Jonin yang membantu Asuma dan Shikamaru) bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, tetap saja masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jurus Hidan, yaitu semua luka yang diderita Hidan, seluruhnya akan mengenai orang yang darahnya telah digunakannya untuk jurus kutukan miliknya. Asuma pun nyaris mati terkena jutsu ini. Beruntung Choji dan Ino datang membantu, tetapi semuanya sudah terlambat, dan Asuma meminta dinyalakan rokok terakhir untuknya oleh Shikamaru. Shikamaru dengan penuh haru menyalakan rokok dimulut Asuma untuk terakhir kalinya sambil menangis di tengah hujan.
Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya dikarenakan misi yang dia jalani sebelumnya, dan harus dirawat di rumah sakit. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang ANBU yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "Roots" (salah satu cabang dari ANBU yang tidak diakui lagi) bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai anggota "Roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengancam akan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Di sini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang ANBU: Mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo dengan Yamato menyamar menjadi Sasori, untuk menemui mata-mata sang pengendali boneka dari Akatsuki tersebut, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan jurus elemen kayu (yang sama dengan jurus Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia mengabaikan misi tersebut karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu bertarung melawan tim Yamato, tapi pada akhirnya mundur bersama Orochimaru dan Kabuto. Tim Yamato pun pulang ke Konoha dengan penuh kekecewaan.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi kelas S untuk menolong Gaara, sang Kazekage sekaligus sahabat Naruto, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani nenek Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu Tim 9 pimpinan Guru Gai mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan nenek Chiyo melawan Sasori yang merupakan cucu dari nenek Chiyo. Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.
Sasori dengan senang hati melawan neneknya. Nenek Chiyo dan Sakura melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan hiruko luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan nenek Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut. Nenek Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Shirohigi:Jikkichikamatsu no Shuu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka (Akahigi:Hyakki no Souen). Setelah pertarungan dahsyat, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya. Dia terbunuh oleh boneka yang ternyata adalah replika kedua orangtuanya sendiri.
Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul Deidara setelah Kakashi menggunakan Mangekyou Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dialihkan perhatiannya sesaat oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Nenek Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya untuk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara rei .
